本所強調傳統生物化學與現代分子生物學、細胞生物學、發育生物學、基因體學、生物資訊學及蛋白質體學之結合，並以此配合國家科技發展之政策，與中央研究院、國家衛生研究院、台北榮民總醫院、台北市立聯合醫院等各大醫學中心或教學醫院積極合作，投入與疾病相關之分子醫學研究。此外，本所亦與產業界積極合作交流，協助產業升級，提高國內生技產業之競爭力與研究能力。
本所現有15位專任與7位兼任教師。根據其研究方向可分為五大領域：
- 基因調控(鄭子豪老師、游麗如老師、陳威儀老師及張崇德老師)
- 訊息傳導(陳美瑜老師、郭津岑老師及曾炳輝老師)
- 細胞生長、分化、老化(陳鴻震老師、許翺麟老師、王琬菁老師及姜為中老師)。
- 蛋白質體學、結構生物學(林達顯老師、蔡有光老師及黃介嶸老師)
- 奈米生技(廖韋晴老師)
教學上，本所強調開拓學生視野、引導學生獨立思考與主動學習能力。除與生化學科共同肩負大學部之教學任務外，還與其他學程合作，培育碩士班及博士班研究生。研究生課程規劃是以生化與細胞分子生物學、生化技術原理等核心必修課程提昇學生從事學術研究能力，佐以每年開設之各式選修課程，使學生得到更精深的理論知識，並能擴展學識範疇、順應現代生物科技發展的潮流；學期過程中注重學生邏輯思考，力求培養學生獨立發掘與解決問題之能力。除完成規定學分課程外，碩博士學生尚須依其個別興趣選擇專任或兼任教師指導，完成論文研究、通過口試，方能取得學位。