本所主要位於台北陽明校區生物醫學大樓五、六、七樓，共有約三千六百平方公尺使用面積。
硬體方面，所內配置有完善的研究設備，包括密度梯度分液收集器、近紅外光螢光影像定量分析系統、即時定量聚合酶鏈鎖反應系統、可見光與紫外線光譜儀、冷凍乾燥機、超音波機及螢光顯微鏡等，可供師生進行一般生化、分子及細胞生物學實驗。生物醫學大樓七樓設有校級儀器資源中心，配置超高速冷凍離心機、定量聚合酶鏈鎖反應儀、影像掃描密度分析儀、冷光螢光影像擷取分析系統、海馬生物能量代謝測定儀及冷凍乾燥機等供師生使用。此外，校區內的儀器資源中心具有完整的流式細胞核心設施(流式細胞分析儀及流式細胞分選儀)及質譜核心設施(二維線性多次質譜儀、二維線性離子阱傅立葉轉換電場、極致效能液相層析-串聯質譜儀、極致效能液相層析-四極柱飛行時間質譜儀及氣相層析-串聯質譜儀)，並有專業技師及研究人員協助實驗操作和分析。
軟體方面，本所亦是得天獨厚；不但所內學術研究風氣鼎盛，本所師生與本校其他各學院教師、鄰近的台北榮民總醫院及國立中國醫藥研究所，都有頻繁的學術交流或密切的合作關係。