本所原名為生物化學研究所，碩士班於民國71年成立，民國76年成立博士班，順應科學發展研究方向已由原有的傳統生化拓展到分子醫學、分子生物學、蛋白質體學、結構生物學等領域，遂於2005年8月更名為「生化暨分子生物研究所」。2021年2月與國立交通大學合校後，更名為國立陽明交通大學 生化暨分子生物研究所。
本所與醫學系生化學科密切合作，致力於生物醫學研究及生物化學基礎教育水準之提昇。過去四十年已培育出許多國內外生物醫學相關領域的優秀人才，並在全體師生的辛勤耕耘之下使本所在國內外聲望卓著。本所現階段之使命，乃是強化跨領域之合作，提昇生物醫學領域之基礎及轉譯研究水準，培育優秀的新世代研究人才，協助國家生物技術產業的發展。
本所歷任所長
魏如東教授、吳妍華教授、馮濟敏教授、蔡英傑教授、陳芬芳教授、張智芬教授、鄭子豪教授、許翱麟教授、姜安娜教授、現任所長為鄭子豪教授