專長
固有無序蛋白質、液-液相分離生化分生機制、生物物理

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ORCiD
0000-0003-3674-2228

經歷

2023.02-迄今
2018.08-2023.01
2013.08-2018.07
2010.09-2013.07
2007.03-2010.08

國立陽明交通大學 教授
國立陽明大學 副教授
國立陽明大學 助理教授
法國 國家研究中心 博士後研究員
瑞士 巴塞爾大學 博士後研究員

學歷

2003.10-2007.02
1997.09-2001.06

英國劍橋大學 博士
國立臺灣大學 學士

榮譽

112 學年度
2022
110 學年度
109 學年度
108 學年度
106 學年度
103,05,06,09-11 學年度
103、106 學年度
103、104 學年度
102 學年度

生科院 教研人員學術卓越獎勵 (兩年)
日本化學學會 Lectureship Award
生科院 教研人員學術卓越獎勵 (兩年)
陽明大學生科院教學優良教師
陽明大學生科院教研人員學術卓越獎勵 (兩年)
陽明大學優良導師
醫學院學生網路教學評估優良教師
財團法人沈力揚教授醫學教育獎學紀念基金會研究與進修獎助金
陽明大學良師益友導師
科技部補助大專校院延攬特殊優秀人才 (兩年)

指導學生獲獎

2023 2023 2023 2023 2023 2023 2023
2022
2022
2021
2021
2021
2020
2020
2020
2020
2020
2019
2019
2018
2018
2018
2018
2017
2017
2017
2016
2016
2016

碩士生畢業生何玟霖榮獲方賢齊先生BioICT論文獎碩士論文頭等獎
博士生林煜皓獲選為國際醣科學年會-半乳糖子會短演講者
博士生孫永宸獲選為國際磁共振年會短演講者
碩士生何玟霖的論文在Protein Science發表 
碩士生王裕先榮獲陽明交大基科所壁報比賽佳作 
博士生孫永宸榮獲第27屆生物物理年會口頭論文競講第三名 
助理林煜皓榮獲TIGP Rising Star Fellowship (4.6萬/月;三年)
碩士生何玟霖的研究成果在 Protein Science 發表
碩士生邱詩惠的研究成果在 Communications Biology 發表
博士生周柏君 榮獲台灣生化分生研討會壁報論文比賽 特優
碩士生邱詩惠 獲論文優良院長獎
碩班畢業生江宛芹 獲得瑞士蘇黎士大學全額獎學金攻讀博士學位
碩士生邱詩惠 生物醫學核磁共振研討會口頭論文競賽 佳作
碩士生孫永宸 獲生科院獎學金(20k)與TIGP Rising Star fellowship (40k/month; 3 year)
碩士生邱怡萍、孫永宸、邱得宸、林煜皓的研究成果在Nature Communications發表
博士生陳采榛的研究成果在Int J Mol Sciences 發表
碩士生孫永宸 生化所尹珣若論文比賽第三名
碩士生邱怡萍 獲教育部補助至韓國中央大學擔任交換學生
碩士生邱怡萍 第24屆生物物理年會口頭論文競講第三名(JBC Award)
碩士生江宛芹 第23屆生物物理年會口頭論文競講第二名
碩士生江宛芹 生化所尹珣若論文比賽第一名,代表所參加全校比賽
專題生孫永宸 考取陽明大學生化所榜首
碩士生李昊儒、江宛芹,助理周柏君的研究成果在JBC發表!
碩士生邱得宸 獲得台日生物醫學磁共振研討會最佳壁報獎
碩士生李昊儒、博士生陳采榛的研究成果在BBA發表!
碩士生林煜皓、邱得宸、助理張雯涵的研究成果在JBC發表!
博士生陳采榛、助理蕭至倫於的研究成果在 PPL 發表
博士生陳采榛 獲得國際生物磁共振研討會(Kyoto) Travel Award
博士生陳采榛 獲得台灣磁共振年會優良壁報獎

研究方向

在一顆細胞內,有成千上萬的生物化學反應同時在發生著。然而,這些參與反應的生物分子,如蛋白質、核酸等,它們怎麼「知道」自己該在何時、何處參與那些反應?這是我們實驗室最有興趣了解的問題。
真核細胞內有一半以上的蛋白質帶有無特定三維結構的「固有無序」區段(intrinsically disordered domains; IDPs or IDRs),這些無序區段的特性,很可能就決定了該蛋白質該在何時何處參與反應。近來有些研究已發現許多這類蛋白質可以利用外界環境(如酸鹼度、溫度)的改變(「何時」)進行液-液相分離(liquid-liquid phase separation; LLPS),藉以達到在細胞內局部的濃度提高,而在特定地點發生反應(「何處」)。除了多種功能外,這些區段的變異也和多種疾病有關,而我們實驗室有興趣的主題皆是為了解IDP/LLPS的特性及其生物功能與疾病間的關係。目前著重的主題可分為下列幾項:

  1. 基因調控 : 我們目前研究多個帶有IDR的RNA binding proteins和transcription factors。我們希望了解這些IDR是如何調控它們相關的基因及功能的。
  2. 神經退化性疾病 : TDP-43 這個蛋白質無序區段的不正常堆集是漸凍人症和一種失智症的主要原因。這個無序區段是怎麼堆集的?為什麼自然要演化出會不正常堆集的區段?這個區段是不是還有其它功能?這是我們有興趣的問題。
  3. 癌症 : Galectin-3 是人體內唯一一種帶有無序區段的半乳糖凝集素。它在發炎及一些癌細胞內會大量產生,但它產生的機制和癌症之間的關係並不清楚,這也是我們目前研究的方向之一。
  4. 藥物設計 : 現在以蛋白質結構為基礎的藥物開發(structure-based drug design)都是以有三級結構的活性位或調節位做設計,鮮少以無序區段作為目標。以上(1)-(3)提到的功能與疾病,我們發現都和IDR所調控的LLPS有關。因此,我們會針對會形成液-液相分離的無序蛋白質為目標,針對它們凝集作用的機制,來找出適合調控這些機制的藥物。
  5. 人工智慧和生物資訊學:我們利用資料庫中的同源IDR來訓練模型,讓AI去找出IDR中可能功能很重要的胺基酸。我們也分析多種蛋白質序列資料庫,希望了解IDR是如何演化出來的。

研究著作

Ho WL, Huang HC, and Huang JR*. IFF: Identifying key residues in intrinsically disordered regions of proteins using machine learning (2023) Prot Sci 3;32:e4739 

Chou MC, Wang YH, Chen FY, Kung CY, Wu KP, Kuo JC, Chan SJ, Cheng ML, Lin CY, Chou YC, Ho MC, Firestine S, Jie-rong Huang, Chen RH. PAICS ubiquitination recruits UBAP2 to trigger phase separation for purinosome assembly (2023) Mol Cell 

Chiu SH, Ho WL, Sun YC, Kuo JC, and Huang JR*Phase separation driven by interchangeable properties in the intrinsically disordered regions of protein paralogs. (2022) Comm. Biol. 5:400

Ho WL and Huang JR*The return of the rings: Evolutionary convergence of aromatic residues in the intrinsically disordered regions of RNA-binding proteins for liquid-liquid phase separation. (2022) Prot Sci 31:e4317

Chiang WC, Lee MH, Chen TC, and Huang JR*. Interactions between the Intrinsically Disordered Regions of hnRNP-A2 and TDP-43 Accelerate TDP-43′s Conformational Transition. (2020) Int J Mol Sci. 21(16), 5930

Chiu YP, Sun YC, Qiu DC, Lin YH, Chen YQ, Kuo JC, and Huang JR*. Liquid-liquid phase separation and extracellular multivalent interactions in the tale of galectin-3. (2020) Nat Comm 11:1229

Chen TC and Huang JR*. Musashi-1: An Example of How Polyalanine Tracts Contribute to Self-Association in the Intrinsically Disordered Regions of RNA-Binding Proteins. (2020) Int J Mol Sci. 21(7). pii: E2289

Li HR, Chiang WC, Chou PC, Wang WJ, Huang JR*. TAR DNA-binding protein 43 (TDP-43) liquid-liquid phase separation is mediated by just a few aromatic residues. (2018) J Biol Chem. 293(16):6090-6098

Li HR, Chen TC, Hsiao CL, Shi L, Chou CY, Huang JR*. The physical forces mediating self-association and phase-separation in the C-terminal domain of TDP-43. (2018) BBA-Proteins and Proteomics. 1866:214-223

Lin YH, Qiu DC, Chang WH, Yeh YQ, Jeng US, Liu FT, Huang JR*. The intrinsically disordered N-terminal domain of galectin-3 dynamically mediates multisite self-association of the protein through fuzzy interactions. (2017) J Biol Chem. 292(43) 17845–17856

Chen TC, Hsiao CL, Huang SJ, Huang JR*. The nearest-neighbor effect on random-coil NMR chemical shifts demonstrated using a low-complexity amino-acid sequence. (2016) Protein Pept Lett. 23(11):967-975

Delaforge E, Milles S, Huang JR, Bouvier D, Jensen MR, Sattler M, Hart JD, Blackledge M. Investigating the Role of Large-Scale Domain Dynamics in Protein-Protein Interactions. (2016) Front. Mol. Biosci. 3:54

Aznauryan M, Delgado L, Soranno A, Nettels D, Huang JR, Labhardt AM, Grzesiek S, Schuler B. Comprehensive structural and dynamical view of an unfolded protein from the combination of single-molecule FRET, NMR, and SAXS. (2016) PNAS. 113(37):E5389-98

Huang JR, Warner LR, Sanchez C, Gabel F, Madl T, Mackereth CD, Sattler M, Blackledge M. Transient electrostatic interactions dominate the conformational equilibrium sampled by multi-domain splicing factor U2AF65: A combined NMR and SAXS study. (2014) J Am Chem Soc. 136(19):7068-76

Jensen MR, Zweckstetter M, Huang JR, Blackledge M. Exploring Free-Energy Landscapes of Intrinsically Disordered Proteins at Atomic Resolution Using NMR Spectroscopy. (2014) Chem Rev. 114(13):6632-60
Before 2013

Huang J-R, Ozenne V, Jensen MR, and Blackledge M. Direct prediction of NMR residual dipolar couplings from the primary sequence of unfolded proteins. (2013) Angew Chem Int Ed. 52(2):687-690 (Cover Issue)

Huang J-R, Gentner M, Vajpai N, Grzesiek S, and Blackledge M. Residual dipolar couplings measured in unfolded proteins are sensitive to amino- acid specific geometries as well as local conformational sampling. (2012) Biochem Soc T. 40(5):989-94

Ozenne V, Schneider R, Yao M, Huang J-R, Salmon L, Zweckstetter M, Jensen MR and Blackledge M. Mapping the potential energy landscape of intrinsically disordered proteins at amino acid resolution. (2012) J Am Chem Soc. 134(36):15138-48

Ozenne V, Bauer F, Salmon L, Huang J-R, Jensen MR, Segard S, Bernado P, Charavay C, and Blackledge M. Flexible-meccano: A tool for the generation of explicit ensemble description of intrinsically dis- ordered proteins and their associated experimental observables. (2012) Bioinfomatics. 28(11):1463-70

Silvers R, Sziegat F, Tachibana H, Segawa S, Whittaker S, Gunther U, Gabel F, Huang J-R, Blackledge M, Wirmer J, and Schwalbe H. Modulation of structure and dynamics by disulfide bond formation in unfolded states. (2012) J Am Chem Soc. 134(15):6846-54

Huang J-R, Gabel F, Jensen MR, Grzesiek S, and Blackledge M. Sequencespecific mapping of the interaction between urea and unfolded ubiquitin from ensemble analysis of NMR and small angle scattering data. (2012) J Am Chem Soc. 134(9):4429-36

Schneider R, Huang J-R, Yao M, Communie G, Ozenne V, Mollica L, Salmon L, Jensen MR, and Blackledge M. Towards a robust descrip- tion of intrinsic protein disorder using nuclear magnetic resonance spec- troscopy. (2012) Mol Biosyst. 8(1):58-68

Vajpai N, Gentner M, Huang J-R, Blackledge M, and Grzesiek S. Sidechain χ1 conformations in urea-denatured ubiquitin and protein G from 3J coupling constants and residual dipolar couplings. (2010) J Am Chem Soc. 132(9):3196-203

Huang J-R and Grzesiek S. Ensemble calculations of unstructured proteins constrained by RDC and PRE data: a case study of urea-denatured ubiquitin. (2010) J Am Chem Soc. 132(2):694-705

Haussinger D, Huang J-R, and Grzesiek S. DOTA-M8–an extremely rigid, high-affinity lanthanide chelating tag for PCS NMR. (2009) J Am Chem Soc. 131(41):14761-7

Huang J-R, Hsu S-TD, Christodoulou J, and Jackson SE. The extremely slow-exchanging core and acid-denatured state of Green Fluorescent Pro- tein. (2008) HFSP Journal. 2(6):378-87

Huang J-R, Craggs TD, Christodoulou J, and Jackson SE. Stable intermediate states and high energy barriers in the unfolding of GFP. (2007) J Mol Biol. 370(2):356-71

Jackson SE, Craggs TD, Huang J-R. Understanding the folding of GFP using biophysical techniques. (2006) Expert Rev Proteomics. 3(5):545-59